染色質(zhì)免疫共沉淀測序（ChIP-Seq）是指對染色質(zhì)免疫共沉淀（ChIP）獲得的DNA的片段進(jìn)行大規(guī)模測序，并能把所研究蛋白的DNA結(jié)合位點(diǎn)精確定位到基因組上。

　　RocheGSFLXTitanium、IlluminaHiseq2000和ABSOLID4這3種測序技術(shù)均可以用于ChIP-seq，其中采用IlluminaHiseq2000進(jìn)行ChIP-Seq已有較多文獻(xiàn)報(bào)道。

　　ChIP-Seq技術(shù)高質(zhì)量、高通量、低成本的數(shù)據(jù)產(chǎn)出，為表觀遺傳組學(xué)研究奠定了技術(shù)基礎(chǔ)。研究者可以在以下幾方面展開研究：

　　（1）判斷DNA鏈的某一特定位置會(huì)出現(xiàn)何種組蛋白修飾；

　?。?）檢測RNApolymeraseII及其它反式因子在基因組上結(jié)合位點(diǎn)的精確定位；

　?。?）研究組蛋白共價(jià)修飾與基因表達(dá)的關(guān)系；

　?。?）CTCF轉(zhuǎn)錄因子研究。

　　ChIP-Seq有什么樣品要求？

　?。?）請?zhí)峁舛?ge;10ng/ul、總量≥20ng、OD260/280為1.8~2.2的DNA樣品；若單次ChIP后DNA量不夠，建議將2~3次ChIP的DNA合并在一起。

　?。?）請?zhí)峁〥NA打斷時(shí)檢測膠圖，要求打斷后DNA電泳主帶在100-500bp范圍內(nèi)；請對于ChIP獲得DNA設(shè)計(jì)引物進(jìn)行QPCR驗(yàn)證和定量，能夠提供檢測位點(diǎn)的檢測報(bào)告。附陽性和陰性對照。

　　（3）樣品請置于1.5ml管中，管上注明樣品名稱、濃度以及制備時(shí)間，管口使用Parafilm封口。在運(yùn)輸前將所有樣品管固定于50ml帶蓋離心管中，再將50ml管放在封口袋中。為了防止低濃度樣品黏附在離心管壁上，請使用non-sticktube運(yùn)輸DNA；建議使用冰袋運(yùn)輸，并且盡量選用較快的郵遞方式，以降低運(yùn)輸過程中樣品降解的可能性。